Studierenden und jungen Wissenschaftlern aus aller Welt bietet das ZMT verschiedene Möglichkeiten problemnaher Aus- und Weiterbildung.
Das ZMT ist in das Lehrprogramm des Fachbereiches 2 (Biologie und Chemie) der Universität Bremen eingebunden. Das Ausbildungsprogramm beinhaltet Vorlesungen in den Fächern Biogeochemie, Ökologie, Aquakultur, Fischereibiologie sowie in der Sozioökonomie.
Das ZMT ist auch maßgeblich an der Koordination und am Lehrangebot verschiedener internationaler Studiengänge beteiligt, wie dem Master-Studiengang ISATEC (International Studies in Aquatic Tropical Ecology) und dem Deutsch-Chinesischen Masterprogramm in den Meereswissenschaften, dessen Abschluss in beiden Ländern anerkannt wird.
Doktoranden, Diplomanden sowie MSc-Studenten werden von den Mitarbeitern des ZMT und dessen Partnern in den Tropen betreut. Das Zentrum gestaltet auch die Bremer internationale Graduiertenschule „Globaler Wandel im Bereich des Meeres" mit, die im Rahmen der Exzellenzinitiative gefördert wird und Doktoranden ein interdisziplinär angelegtes Ausbildungsprogramm bietet.
Zusätzlich veranstaltet das ZMT insbesondere in seinen Partnerländern Spezialkurse und internationale Sommer-Schulen.